В Республике Алтай есть два природных заповедника и множество памятников природы, относящихся к особо охраняемым природным территориям. Самый большой заповедник Алтая - Алтайский государственный биосферный заповедник занимает 881 тыс. га. Это почти 10% от все территории Республики. Это один из самых первых « послереволюционных» заповедников. Он был учрежден еще в 1932 году, затем закрыт, потом реорганизован. На территории его расположено порядка 1200 озер, а также 150-метровый водопад – самый большой на Алтае. Большинство лесов заповедника – хвойные. Животных в них немного – около 60 видов. Зато птиц здесь великое разнообразие – около 300 видов. Тут встречается розовый скворец, черный аист, сапсан. Территория заповедника достаточно сложная, леса могут быть непроходимыми. Без проводника посещения не рекомендуются. Алтайский биосферный заповедник внесен в список ЮНЕСКО как объект природного наследия.

Самыми распространенными на Алтае памятниками природы являются водные источники. Водный источник «Курловские дачи», который так любят туристы и доступ к которому свободный расположен в Шебалинском районе Алтая, около русла реки Черга. Он является памятником природы регионального значения и особо охраняемой природной территорией. Вода в роднике не поднимается выше 7 градусов, но в холодное время не замерзает. По классификации вод она относится к столовой минеральной воде. Но местные жители считают ее лечебной.
Водный источник Манжерокский расположен прямо у Чуйского тракта в средине природного парка, который тоже имеет статус особо охраняемой территории. Данный статус присвоен с целью сохранения и изучения природного объекта, изучения трещинно-карстовых подземных вод. Здесь проводят научную работу специалисты Горно-Алтайского Государственного Университета и Томский НИИ курортологии и физиотерапии.